第一、補充勞動合同與備案的勞動合同具備同等效力。只要雙方約定不違法，發生勞資糾紛后，仲裁委及法院會確認補充勞動合同有效。此外，某些需要補充而職工也無異議的事項，也可以在企業規章中規定，但這些企業規章應交由職工閱讀，并要求他們簽名確認。
現在用人單位在勞動爭議案件中敗訴高達80%，就是存在上述的問題。
江蘇省目前處理勞動合同爭議的主要依據《江蘇省勞動合同條例》，該規定傾向于勞動者，這雖然是保護弱者的需要，但同時為規范市場科學管理，用人單位也需要完善。
第三、勞動合同應盡量詳細地約定雙方的義務。約定雙方義務的益處既在于保證雙方按照合同嚴格履行職責，防止出現違約情況;也在于一方違約時，能夠有明確的處罰依據。對于企業來講，在勞動合同中，應明確職工的工作崗位及其具體職責，并明確對于該崗位工作的具體要求。這樣，員工有違反職責的行為，就有明確的處理依據。
第四、勞動合同最好約定明確可行的違約責任和罰則。約定違約責任和罰責，既可以起到警戒作用，更能夠成為日后作出相應處理的有力依據，上了法庭也不需要在違約責任問題上依賴法官的"自由裁量"，為保護企業自身的合法權利提供必要的保障。對于違約責任，主要是指違約賠償責任，可以由企業與職工雙方商定各種違約情形下具體的賠償數額;對于職工違紀的處罰方式，可以是警告、記過、扣工資、開除等。對于職工的違紀處罰，在勞動合同中約定不可能太詳細，可引用企業規章的規定。
第五、最好約定勞動合同終止的條件或者企業單方解除勞動合同的條件。勞動合同終止的條件，指在勞動合同中約定，一旦出現某些事由，勞動合同即終止，雙方不再受勞動合同約束;企業單方解除勞動合同的條件，即在勞動合同中約定，如果勞動者發生某些行為，企業可以單方解除勞動合同而不需支付經濟補償金或者賠償金。但應注意，不能把法定的解除勞動合同而需支付經濟補償金的情形，也約定在勞動合同中并規定不需支付經濟補償金。約定勞動合同終止或者企業單方解除勞動合同的條件的好處在于：一旦有約定情形出現，企業就可以不再履行勞動合同，而不需支付經濟補償金。比如某公司約定：職工當月無故曠工2天，企業可以解除勞動合同而不支付補償金。如果按照法律規定，職工曠工2天，顯然不太可能被認為是"嚴重"違反企業規章。如果沒有上述約定，企業以此解除勞動合同很可能被判賠償。
第六、以職工"辭職"取代企業"解除"。避免辭退補償金糾紛的發生。根據勞動法的規定，員工自動辭職的，企業不需支付辭退補償金。在某些情況下(如員工為日后尋找工作方便不愿被"開除")，員工違紀后愿意以"辭職"名義離開企業。在這種情況下，企業如果能取得員工的辭職書，就可不必支付辭退補償金。
第七、勞動合同終止。如勞動合同期滿終止后不再續簽，為避免不必要的糾紛的發生，企業應在期滿日之前30日，以書面方式并要求員工簽收通知該員工終止合同。在勞動合同中約定勞動合同的終止條件。根據勞動法的規定，勞動合同中約定的終止條件出現時，勞動合同即終止。因終止條件出現而終止勞動合同時，同樣不需要支付辭退補償金。如：在勞動合同中約定"停工待料日期超過XX日，且不可能立即恢復生產的，本合同終止"。 應注意的是，對于勞動合同終止條件的約定不能違法，不能把法定應支付辭退補償金的情形，規定為終止勞動合同的條件。如：類似"員工不能勝任工作，經培訓和換崗后仍不能勝任工作的，勞動合同終止，企業不支付經濟補補償金"的規定，就因為違法而不發生效力。
第八、在勞動合同及企業規章中明確規定違紀辭退的情形。通過有效引用過錯辭退條款，預防和解決辭退補償金糾紛。根據勞動法及甘肅省勞動合同條例有關規定，員工有下列情形之一的，用人單位可以隨時解除勞動合同，且不需支付辭退補償金：(一)試用期內證明不符合錄用條件;(二)嚴重違反勞動紀律或者用人單位規章制度;(三)嚴重失職，營私舞弊，對用人單位利益造成重大損害的;(四)被依法追究刑事責任及被勞動教養的。在辭退糾紛中，上述(二)、(三)項是經常被企業引為辭退理由的。但在司法實踐中，這兩項的標準都難以掌握。什么是"嚴重"違紀，多大損害才算"重大"，都是十分模糊的標準。如果交由勞動仲裁委員會或者法院去判斷，大多數的違紀行為不會被認為是"嚴重"，大多數的損害不會被認定為"重大"。因此，在這種情況下，大多數企業面臨敗訴的局面。但如果企業在其勞動合同或者規章制度中明確規定辭退且不支付補償金的情形，只要這些規定不違法，發生糾紛后，勞動仲裁委員會和法院一般就會依照企業規章的規定作出裁決。在勞動合同或者企業規章制度中規定辭退條件，可以有以下幾種方式：
1.單獨對辭退條件作規定。如有的單位規章就規定："員工有以下行為之一的，立即予以辭退，并不支付經濟補償金：1.……"。
2.在具體守則中規定。如："員工不能正常上班應請假，未按程序請假的視為曠工。曠工3天以上的，予以辭退，并不支付經濟補償金。"
3.對于某些違紀行為雖然性質較輕，但如果屢教不改，也應當規定為辭退條件。具體規定的方式可以有3種：1)就單個行為累計，如："無故遲到或者早退，在一個月內累計達到10次，或者1年中達到50次以上者，予以辭退，并不支付經濟補償金。" 2)累計處罰方式，如："一個月內累計受到警告以上處分5次以上者，三個月內……予以辭退……"。 3)逐步加重式，如"弄虛作假，托他人代打工卡者，初次發現扣除工資50元，再次發現，即予辭退，并不支付經濟補償金"。 4.由于企業的勞動合同和規章不可能對所有違紀行為都詳盡列舉，因此還需要：1)規定類比情形條款，如："……對于其他違紀行為，公司可以根據其性質參照本條予以處罰。" 2)及時對規章制度進行修改，并以適當方式告知員工。
5.有關條款可以參照《企業獎懲條例》和《國營企業辭退違紀職工規定》(見附件)制定。
6.對于上述的辭退條件，建議都附加"不支付經濟補償金"、"不予補償"等字句，以減少爭議。
第九、過錯辭退中有關證據的保全和收集。在辭退補償金糾紛中，若企業以嚴重違紀或者嚴重失職的理由辭退員工，一旦糾紛發生，企業必須對職工的嚴重違紀和嚴重失職行為舉證，因此，保全和收集證據至為重要。企業所要保全和收集的證據，主要是兩類：其一是員工所違反的企業規章及勞動紀律的具體條款;其二是員工的違紀行為。通常，可以證明員工違紀行為的證據主要有：1)違紀員工的"檢討書"、"求情書"、"申辯書"、違紀情況說明，等等;2)有違紀員工本人簽字的違紀記錄;3)其他員工及知情者的證明;4)有關物證;5)有關書證及視聽資料;6)政府有關部門的處理意見、處理記錄及證明等。
司法實踐中，有違紀員工簽字的書面材料，往往是勞動爭議仲裁委員會和法院樂于采納的最有力的證據。因此，企業在辭退職工之前，應盡量取得有違紀員工簽字的書面材料。對于有違法行為(如賭博、盜竅等)的員工，可以要求政府有關部門處理，政府有關部門的處理結論或者記錄，就可能是有力的證據。對于"大錯不犯，小錯不斷"的員工的違紀行為，應注意平時記錄在案。每次違紀時，企業都作出相應的書面處理材料，要求員工簽字;為記錄方便，也可以采取扣工資的處理方式，在每次的工資單中扣除相應的工資數額，并注明違紀事由，由員工在領取工資時簽字確認。
第十、關于企業的管理制度。對于企業規章及勞動紀律，除應盡量詳細地制定條款外，還應以適當方式告知職工，建議企業在制定和公布規章制度時，交由員工閱讀，并由員工簽字確認。如果在勞動合同期間，企業規章制度進行修改的，也應再次交由員工閱讀并確認。這樣，一旦糾紛發生，就不會出現員工否認有此規定的情況。
